內政部都委會於2020年6月9日審議通過社子島主要計畫再提會討論案，據台北市政府代表說明，海科大原本屬區段徵收範圍，但基於重視該校存在之事實及照顧師生權益，加上學校劃設為文教區指定海科大使用，校產之處分與使用受到私立學校法限制，剔除區徵範圍學校使用權益並未增加，無部分人士質疑圖利之情形，因此提請大會採納將該校剔除區段徵收範圍之建議。經都委會充分討論後，同意照市府提出建議意見通過。
